主要登場角色
「科學小飛俠」包括了五位年輕的成員:
一號鐵雄(原名:鷲尾健,簡稱KEN;香港譯名:阿健)
鐵雄是隊長,負責統籌全隊的行動,必要時,鐵雄會單槍匹馬做前鋒攻擊敵人。
二號大明(原名:喬治‧淺倉,簡稱JOE;香港譯名:阿丁)
大明是副隊長,專長是射擊,其瞄準能力居全隊之冠,發射「神鳥飛彈」是他的專責。由於童年目睹父母被惡魔黨所殺,因此對惡魔檔的憎恨極為強烈。
三號珍珍(原名:純;香港譯名:阿珍)
珍珍的專長是裝設炸彈,當科學小飛俠攻入敵人陣營時,珍珍就會負責破壞敵人守備與安裝定時炸彈。
四號阿丁(原名:甚平;香港譯名:平仔)
阿丁的專長則是破解密碼,通常用來解開惡魔黨座機或基地的入口密碼,以利全隊之進攻。
五號阿龍(原名:中西龍,簡稱RYU;香港譯名:阿龍)
阿龍是鳳凰號的駕駛,負責接應其他四人,必要時,阿龍也會走出鳳凰號,與大家一起攜手戰鬥。他也是五人中唯一父母俱在的成員。
南宮博士(原名:南部孝三郎博士;Dr. Kozaburo Nambu)
國際科學組織(ISO)的領導人,科學忍者隊這個團隊是由他所培訓出來的。
裝備
在第一代的科學小飛俠卡通中,五位科學小飛俠的代號分別是:大鷲一號、黑鷹二號、天鵝三號、飛燕四號和貓頭鷹五號,因為五號阿龍必須要留守鳳凰號,所以除了阿龍外,每個人都有自己的座機與自己的隨身武器。五個成員的手腕上都戴有一隻電子錶,用以相互通訊以及使出火鳥功來變身;當五個人團結在一起時,更可以一同使出「科學龍捲風」。科學小飛俠平時駐紮在海中的三日月珊瑚礁基地,每當有任務需要去執行時,便一同乘坐鳳凰號出動。鳳凰號上有兩種主要武器,一是神鳥飛彈,另一是火鳥功;進行火鳥功時,鳳凰號會變成一隻火鳥翱翔天際,並且發出三千度的高溫(可用以鎔毀敵人的機械獸)。一開始這兩種武器必須要五人到齊才能使用,後來南宮博士改善了這個缺點,不必全員到齊也能使用這兩種武器。
敵人
「科學小飛俠」的主要敵人是「惡魔黨」(Galactor;港譯:綠魔黨)」,而「惡魔黨」的首領是神秘的無名主宰「總裁X」(Governor X;港譯:總裁X),在他之下有一位率領眾多黨羽為其效命的大頭目-伯格‧卡契(Berg Katse;港譯:鋼鐵大王)。
卡契在母親體內原本是一男一女的雙胞胎,卻被無名主宰用神秘力量加以改造,使其出生後成了一個可隨意變男變女的陰陽人。卡契具有高度智慧,自視非凡,因此常稱科學小飛俠為「傻鳥」,他一直以為無名主宰在統治地球之後,會讓他當副主宰。沒想到無名主宰最後竟要毀掉地球,事行至此,卡契才知自己被利用,而且一經啟動的地心爆炸裝置也已無法停止,最後在科學小飛俠面前縱身跳進地心熔炎裡,結束了一生。
結局
惡魔黨在喜馬拉雅山某處建造了一個基地,並在該地挖掘一條通往地心的隧道,計劃利用核子彈來爆破地心以摧毀地球。後來,科學小飛俠雖然摧毀了惡魔黨的基地,但卻停止不了那個爆破地心的機器。就在核子彈啟動倒數0002秒之際,大明在臨死之前射出的羽毛飛鏢被捲入了機器之中,而使得機器停止運轉。最後,二號大明卻在此次任務中不幸殉職。